Une assemblée générale des institutions membres de l'ERER est organisée un fois par an, en présence du bureau. Les directeurs des établissements y sont conviés chaque année et peuvent s'y faire représenter, éventuellement par le responsable du comité d’éthique local.

C'est l'occasion pour ces institutions d'entendre le bilan annuel de l'ERER et le cas échéant de faire adopter des vœux par l'assemblée générale au sujet de l’organisation de l'ERER et de sa gouvernance. Le bureau s'engage à y répondre lors de l'assemblée générale suivante.

C'est aussi l'occasion pour les responsable des comités d'éthique de faire connaissance les uns avec les autres et de participer à la création d'un réseau d'entraide informel.